如何设计引物序列图(扩增基因全长怎么设计引
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如何用primer premier 5.0设计引物?设计引物要注意哪些细节?下载的5.0版注册一下就能用了,应该有中文说明设计引物的方法,看说明学习一下就可以了。
主要注意的有几个方面
1上游引物可以手动添加或删除密码子以改变其长度,因为不会影响到起始密码子,而下游由于是终止密码子,所以不可以手动添加或删除,只能通过File-Preference中的length改变长度,最短不要小于18.
2引物结构的吉布斯自由能变最好在0-10,但不是特别严格,最好不要小于-10.
3比较重要的一点是上下游引物的Tm 相差要小于2°C。
4设计完检查时要注意3’端不能有发夹结构。
说的可能不很全面,设计时具体问题具体分析吧
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按照实验规则设计
如果你对这个答案有什么疑问,请追问,
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在ncbi上查基因序列,然后输入primer中,根据相关规则设计引物,然后把序列送生物公司,由他们根据你设计的序列合成引物,顺序就是这样的,你可以上网百度一个primer的教程以及引物设计标准,分子实验里这是最基本的软件,有必要学着用
如何设计整个基因的克隆引物把序列前后保留200bp,
设计引物的时候,引物长度设置在25-27左右
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打开软件
左上角来操作
file——ne——dna sequence
这一项可以把你复制的序列粘贴进去
,你也可以选择另一个
file——open——dna sequence
去open一个新的文件。在接下来的界面里
复制你的序列,于是就将序列导入了点击search
进入下图界面开始设计引物
在此图中有6个部分,红色数字标示
1区,包括三部分,可以选择设计pcr引物,测序引物和杂交探针
2区,搜寻模式,包括正链,反链等,我们一般选一项pairs,出来一组引物
3区,引物的范围,上游引物所在范围,下游引物所在范围
4区,pcr 长度,根据需要设置
5区,引物长度,这个是调整的重点,前面是长度,后面是±
6区,选择模式,一般选auto,也可以手动下面是一个设计
我选择了
正链位于1-400内
负链位于500-910内
产物长度100-600
引物长度为20±1bp输入后,出现下图界面
共有1000多条引物
点击ok
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